NGS實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)之分區(qū)設(shè)計(jì)
由于NGS技術(shù)容易出現(xiàn)實(shí)驗(yàn)室污染,導(dǎo)致檢測(cè)結(jié)果不準(zhǔn)確。因此設(shè)計(jì)一個(gè)嚴(yán)格有序、規(guī)范的NGS實(shí)驗(yàn)室是非常必要的,且各分區(qū)要設(shè)計(jì)分明,功能對(duì)應(yīng)。
1. 試劑準(zhǔn)備區(qū)
本區(qū)域?yàn)闈崈魠^(qū)域,用于試劑的配制、分裝及少量?jī)?chǔ)藏等,需存放于此區(qū)域的試劑不可逆行由后續(xù)處理樣本的區(qū)域進(jìn)入。另外,試劑盒中的陽(yáng)性質(zhì)控品和對(duì)照品不應(yīng)貯存于此區(qū)域。
2. 樣本準(zhǔn)備區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),用于核酸的提取及濃度測(cè)定。在提取不同類型的樣本(新鮮組織、FFPE、血液等)核酸時(shí)應(yīng)避免樣本之間的交叉污染,建議在區(qū)域內(nèi)設(shè)置不同樣本的獨(dú)立的超凈工作臺(tái)。布局時(shí)應(yīng)注意高速離心機(jī)運(yùn)行時(shí)產(chǎn)生的振動(dòng)是否干擾其它設(shè)備等細(xì)節(jié)。
3. 文庫(kù)制備區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),用于文庫(kù)的構(gòu)建。NGS檢測(cè)時(shí)常見(jiàn)的文庫(kù)制備方法有雜交捕獲法和擴(kuò)增子法,兩種方法均包含通過(guò)PCR放大文庫(kù)產(chǎn)量的步驟,因此在文庫(kù)制備區(qū)構(gòu)建文庫(kù)時(shí),建議文庫(kù)擴(kuò)增產(chǎn)物傳遞至下一階段區(qū)域(雜交捕獲區(qū))進(jìn)行純化及后續(xù)操作。另外,組織樣本進(jìn)行捕獲法建庫(kù)時(shí)需要先對(duì)樣本做片段化處理,因此操作臺(tái)面規(guī)劃時(shí)應(yīng)區(qū)分片段化區(qū)域和建庫(kù)區(qū)域。
4. 雜交捕獲區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),用于文庫(kù)擴(kuò)增后的純化,以及后續(xù)的二次擴(kuò)增或捕獲富集等步驟。嚴(yán)防此區(qū)域擴(kuò)增產(chǎn)物及氣溶膠等對(duì)其它區(qū)域的污染,盡量減少人員在該區(qū)域與其它區(qū)域之間反復(fù)頻繁流動(dòng),同時(shí)該區(qū)域的實(shí)驗(yàn)物品、實(shí)驗(yàn)服等盡量避免外帶。
5. 文庫(kù)擴(kuò)增區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),對(duì)雜交捕獲產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集,同時(shí)對(duì)上機(jī)測(cè)序前的文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)控,并且完成文庫(kù)上機(jī)前文庫(kù)*終的稀釋和混樣。
6. 測(cè)序分析區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),用于文庫(kù)的上機(jī)測(cè)序。此區(qū)域應(yīng)配備穩(wěn)定的供電設(shè)施及備用電源,并配備獨(dú)立的制冷設(shè)施保證測(cè)序儀在相對(duì)恒定的溫濕度環(huán)境下工作;還需開(kāi)設(shè)適宜面積的機(jī)房用于放置服務(wù)器等,所配備的網(wǎng)關(guān)設(shè)備應(yīng)兼具穩(wěn)定性和安全性,確保數(shù)據(jù)有效、安全傳輸。
7. 電泳區(qū)
本區(qū)域?yàn)榘胛廴緟^(qū),用于核酸樣本質(zhì)量和文庫(kù)片段的分析。
總之,一個(gè)規(guī)范的NGS檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室是獲得準(zhǔn)確檢測(cè)結(jié)果的重要保障,在實(shí)驗(yàn)室運(yùn)行過(guò)程中要始終堅(jiān)持“工作有序、互不干擾、防止污染、報(bào)告及時(shí)”的基本準(zhǔn)則。
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